[第1集]：X档案第一季 01领航员.pilot
[第2集]：X档案第一季 02深喉咙.deep.throat
[第3集]：X档案第一季 03突变异种.squeeze
[第4集]：X档案第一季 04奥卡布基湖奇案.conduit
[第5集]：X档案第一季 05泽西恶魔.the.jersey.devil
[第6集]：X档案第一季 06鬼魅幽魂.shadows
[第7集]：X档案第一季 07幽灵电脑.ghost.in.the.mac
[第8集]：X档案第一季 08冰核计划.ice
[第9集]：X档案第一季 09太空惊魂.space
[第10集]：X档案第一季 10坠落天使.fallen.angel
[第11集]：X档案第一季 11夺命夏娃.eve
[第12集]：X档案第一季 12恶魔烈火.fire
[第13集]：X档案第一季 13心灵感应.Beyond.the.sea
[第14集]：X档案第一季 14性别扭曲.gender.bender
[第15集]：X档案第一季 15至死不渝.lazarus
[第16集]：X档案第一季 16追命恶魔.young.at.heart
[第17集]：X档案第一季 17外星访客.E.B.E
[第18集]：X档案第一季 18神迹.miracle.man
[第19集]：X档案第一季 19变形狼人.shapes
[第20集]：X档案第一季 20夜幕低垂.darkness.falls
[第21集]：X档案第一季 21终结突变异种.tooms
[第22集]：X档案第一季 22附身.born.again
[第23集]：X档案第一季 23双胞奇缘.roland
[第24集]：X档案第一季 24外星混血.erlenmeyer.flask
[第25集]：X档案第二季 01绿色小矮人.Little.Green.Me
[第26集]：X档案第二季 02下水道惊魂记.The.Host
[第27集]：X档案第二季 03恐惧症.Blood
[第28集]：X档案第二季 04不能睡觉的人.Sleepless
[第29集]：X档案第二季 05第四类接触（上）.Duane.Barry
[第30集]：X档案第二季 06第四类接触（下）Ascension
[第31集]：X档案第二季 07三位一体.3in1
[第32集]：X档案第二季 08起死回生.One.Breath
[第33集]：X档案第二季 09火山口惊魂.Firewalker
[第34集]：X档案第二季 10红色博物馆.Red.Museum
[第35集]：X档案第二季 11再生.Excelsius.Dei
[第36集]：X档案第二季 12剃刀杀人狂.Aubrey
[第37集]：X档案第二季 13摧花狂疑云.Irresistible
[第38集]：X档案第二季 14巫教学校.Die.Hand.Die.Ver
[第39集]：X档案第二季 15巫毒复仇记.Fresh.Bones
[第40集]：X档案第二季 16殖民地球（上）.Colony
[第41集]：X档案第二季 17殖民地球（下）.End.Game
[第42集]：X档案第二季 18审判.Fearful.Symmetry
[第43集]：X档案第二季 19幽灵船.Dod.Kalm
[第44集]：X档案第二季 20斑身人.Humbug
[第45集]：X档案第二季 21巫童.The.Calusari
[第46集]：X档案第二季 22剖尸.F.Emasculata
[第47集]：X档案第二季 23柔光.Soft.Light
[第48集]：X档案第二季 24我们的小镇.Our.Town
[第49集]：X档案第二季 25外星檔案（上）Anasazi.
[第50集]：X档案第三季 01外星档案（中）.The.Blessing.
[第51集]：X档案第三季 02外星档案（下）.Paper.Clip
[第52集]：X档案第三季 03闪电人.D.P.O
[第53集]：X档案第三季 04相士杀手.Clyde1000.Bruckman
[第54集]：X档案第三季 05回魂复仇者.The.List
[第55集]：X档案第三季 06网路情人.2shy
[第56集]：X档案第三季 07幽灵士兵.The.Walk
[第57集]：X档案第三季 08解脱.Oubliette
[第58集]：X档案第三季 09扑朔迷离（上）.Nisei
[第59集]：X档案第三季 10扑朔迷离（下）.731
[第60集]：X档案第三季 11天启.Revelations
[第61集]：X档案第三季 12糞虫大战The.Coprophages
[第62集]：X档案第三季 13双姝奇缘.Syzygy
[第63集]：X档案第三季 14恶魔图象.Grotesque
[第64集]：X档案第三季 15追凶记（上）.Piper.Maru
[第65集]：X档案第三季 16追凶记（下）.Apocryph
[第66集]：X档案第三季 17 步步危机.Pusher
[第67集]：X档案第三季 18阿玛鲁.Teso.Dos.Bi
[第68集]：X档案第三季 19冥紙.Hell.Money
[第69集]：X档案第三季 20科幻故事.Jose.Chung
[第70集]：X档案第三季 21梦妖.Avatar
[第71集]：X档案第三季 22湖怪.Quagmire
[第72集]：X档案第三季 23电视杀人事件.Wetwire
[第73集]：X档案第三季 24追杀令 Talitha.Cum
[第74集]：X档案第四季 01颠覆地球.Herrenvolk
[第75集]：X档案第四季 02故乡.Home
[第76集]：X档案第四季 03非洲邪灵.Teliko
[第77集]：X档案第四季 04灵異照片.Unruhe
[第78集]：X档案第四季 05前世今生The.Field.Where
[第79集]：X档案第四季 06整型专家.Sanguinarium
[第80集]：X档案第四季 07癌人秘辛.Musings.Of.A.Cig
[第81集]：X档案第四季 08偷心人.Paper.Hearts
[第82集]：X档案第四季 09非常手段(上).Tunguska
[第83集]：X档案第四季 10非常手段(下).Terma
[第84集]：X档案第四季 11紫雨.El.Mundo.Gira
[第85集]：X档案第四季 12婚礼.Kaddish
[第86集]：X档案第四季 13再见贝蒂,Never.Again
[第87集]：X档案第四季 14无头尸奇案.Leonard.Betts
[第88集]：X档案第四季 15我要活下去.Memento.Mori
[第89集]：X档案第四季 16复仇使者.Unrequited
[第90集]：X档案第四季 17失踪的九分钟(上).Tempus.Fugi
[第91集]：X档案第四季 18失踪的九分钟(下).Max
[第92集]：X档案第四季 19回到过去.Synchrony
[第93集]：X档案第四季 20外星爹地.Small.Potatoe1000s
[第94集]：X档案第四季 21天花蜂.Zero.Sum
[第95集]：X档案第四季 22免于恐惧.Elegy
[第96集]：X档案第四季 23恶魔.Demons
[第97集]：X档案第四季 24真相与谎言.Gethsemane
[第98集]：X档案第五季 01追求真理（上）.Redux
[第99集]：X档案第五季 02追求真理（下）.Redux
[第100集]：X档案第五季 03惊爆点.Unusual.Sus
[第101集]：X档案第五季 04人兽谜.Detour
[第102集]：X档案第五季 05科学怪人.Post-Moder
[第103集]：X档案第五季 06孤寂之旅（上）.Christmas
[第104集]：X档案第五季 07孤寂之旅（下）.Emily
[第105集]：X档案第五季 08猎狐计划.Kitsunegari
[第106集]：X档案第五季 09杀父真凶.Schizogeny
[第107集]：X档案第五季 10恐怖娃娃.Chinga
[第108集]：X档案第五季 11魔脑.Kill.Switch
[第109集]：X档案第五季 12新版吸血鬼.Bad.Blood
[第110集]：X档案第五季 13Ｘ病人（上）.Patient.X.
[第111集]：X档案第五季 14Ｘ病人（下）.The.Red
[第112集]：X档案第五季 15旅人.Travelers
[第113集]：X档案第五季 16心眼.Mind&-#39;s.Eye
[第114集]：X档案第五季 17心灵告白.All.Souls
[第115集]：X档案第五季 18非常卧底.The.Pine.Bluff
[第116集]：X档案第五季 19双疯.Folie.a.Deux
[第117集]：X档案第五季 20神童.The.End.
[第118集]：X档案第六季 01开端.The.Beginning
[第119集]：X档案第六季 02向前冲.Drive
[第120集]：X档案第六季 03百慕达惊梦.Triangle
[第121集]：X档案第六季 04梦境（上）.Dreamland
[第122集]：X档案第六季 05梦境（下）.Dreamland.II
[第123集]：X档案第六季 06耶诞幽魂.How.The.Ghosts
[第124集]：X档案第六季 07亲蜜关系.Terms.Of.Endearm
[第125集]：X档案第六季 08雨王.The.Rain.King
[第126集]：X档案第六季 09S.R.819.S.R.819
[第127集]：X档案第六季 10心灵杀手.Tithonus
[第128集]：X档案第六季 11父与子(上).Two.Fathers
[第129集]：X档案第六季 12父与子(下).One.Son
[第130集]：X档案第六季 13水怪.Agua.Mala
[第131集]：X档案第六季 14星期一.Monday
[第132集]：X档案第六季 15美丽新社区.Arcadia
[第133集]：X档案第六季 16变形犬.Alpha
[第134集]：X档案第六季 17穿墙人.Trevor
[第135集]：X档案第六季 18爱情小说.Milagro
[第136集]：X档案第六季 19快乐人生.The.Unnatural
[第137集]：X档案第六季 20难兄难弟.Three.Of.A.Kind
[第138集]：X档案第六季 21田园之旅.Field.Trip
[第139集]：X档案第六季 22创世纪.Biogenesis
[第140集]：X档案第七季 01第六次大灭绝（上）.The.Sixth
[第141集]：X档案第七季 02第六次大灭绝（下）.The.Sixth
[第142集]：X档案第七季 03我想当好人.Hungry
[第143集]：X档案第七季 04千禧计划.Millennium
[第144集]：X档案第七季 05极速快感.Rush.
[第145集]：X档案第七季 06幸儿.The.Goldberg.Varia
[第146集]：X档案第七季 07替天行道.Orison
[第147集]：X档案第七季 08魔术大师.The.Amazing.Male
[第148集]：X档案第七季 09不义之徒.Signs.And.Wonder
[第149集]：X档案第七季 10生命的奇迹（上）.Sein.Und.Zei
[第150集]：X档案第七季 11生命的奇迹（下）.Closure.
[第151集]：X档案第七季 12Ｘ警察.X-COPS
[第152集]：X档案第七季 13虛擬战斗.First.Person.Sho
[第153集]：X档案第七季 14夺命魔咒.Theef
[第154集]：X档案第七季 15尔虞我诈.En.Ami
[第155集]：X档案第七季 16贤妻良母.Chimera
[第156集]：X档案第七季 17人生旅程.All.Things
[第157集]：X档案第七季 18超级菸草.Brand.X.
[第158集]：X档案第七季 19好莱坞式Ｘ档案.Hollywood.A.D
[第159集]：X档案第七季 20斗阵俱乐部.Fight.Club
[第160集]：X档案第七季 21三个愿望.Je.Souhaite
[第161集]：X档案第七季 22安魂曲.Requiem
[第162集]：X档案第八季 01寻.Within
[第163集]：X档案第八季 02离散.Without
[第164集]：X档案第八季 03忍耐.Patience
[第165集]：X档案第八季 04寄生邪神.Roadrunners
[第166集]：X档案第八季 05 幽灵兄弟.Invocation
[第167集]：X档案第八季 06 时光倒流.Redrum
[第168集]：X档案第八季 07 心魔.Via_Negativa
[第169集]：X档案第八季 08完美谋杀案.Surekill
[第170集]：X档案第八季 09异变.Salvage
[第171集]：X档案第八季 10Badlaa
[第172集]：X档案第八季 11生命的意义.The_Gift
[第173集]：X档案第八季 12地铁惊魂.Medusa
[第174集]：X档案第八季 13疑问.Per_Manum
[第175集]：X档案第八季 14奇迹.This_Is_Not_Happen
[第176集]：X档案第八季 15 生与死.Deadalive
[第177集]：X档案第八季 16对抗未来.Three_Words
[第178集]：X档案第八季 17Empedocles
[第179集]：X档案第八季 18外星异种.Vienen
[第180集]：X档案第八季 19变异爬虫.Alone
[第181集]：X档案第八季 20奔逃.Es
[第182集]：X档案第八季 21启明.Existence
[第183集]：X档案第九季 01氯胺疑魂（上）.Nothing.Impor
[第184集]：X档案第九季 02 氯胺疑魂（下）Nothing.Impor
[第185集]：X档案第九季 03撒旦回归.Daemonicus
[第186集]：X档案第九季 04镜像空间.4-D
[第187集]：X档案第九季 05蝇王.Lord.of.the.Flies
[第188集]：X档案第九季 06信任危机.trust_no1
[第189集]：X档案第九季 07心灵捕手.John.Doe
[第190集]：X档案第九季 08地狱旅程.Hellbound
[第191集]：X档案第九季 09天命（上）.Provenance
[第192集]：X档案第九季 10天命（下）.Providience
[第193集]：X档案第九季 11再生情缘.Audrey.Pauley
[第194集]：X档案第九季 12心魔.Underneath
[第195集]：X档案第九季 13寻凶记.Improbable
[第196集]：X档案第九季 14幻想成真.Scary.Monsters
[第197集]：X档案第九季 15异类病毒.Jump.The.Shark
[第198集]：X档案第九季 16母与子.william
[第199集]：X档案第九季 17解开心结.Release
[第200集]：X档案第九季 18美丽人生.Sunshine.Days
[第201集]：X档案第九季 19真相(上).The.Truth
[第202集]：X档案第九季 19真相(下).The.Truth
分季剧情介绍：
第一季简介
九三年九月二十世纪福克斯首播《X档案》，首集于当年春天开始拍摄。内容为联邦调查局特别探员斯卡琳被调入和另一特别探员摩德一同办理X档案。摩德应其妹萨蔓莎幼年失踪，怀疑是被外星人绑架而对研究外星人产生兴趣，政府高层害怕真相的揭露而又不敢动作过大，于是希望借斯卡琳的科学观点把摩德拉回主流。结果是，斯卡琳也陷入其中而不能自拔。本季内容除了外星人，还有不可解释的自然现象、基因突变的怪兽、古老的咒语与传说。本季结束于X档案的调查被终结。
第二季简介
本季始于X档案被终结，摩德与斯卡琳分别被派给不同的任务，但摩德仍时时注意任何有关X档案的案件，并常找斯卡琳帮忙。由于演员吉莲·安德森怀孕，制作人将剧情发展成斯卡琳被外星人绑架，消失了一集。当然，那时候吉莲·安德森去医院生产了。最终斯卡琳被秘密组织送回到一家医院，自此以后，X档案进入一新阶段。这季主要仍围着不可解释的超自然现象及外星人打转，结束于摩德因过分接近真相而遭迫害，千里迢迢到新墨西哥寻找证据，却被特种部队袭击生死不明。
第三季简介
沿续上一季的剧情，摩德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。
第四季简介
到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。今年仍是过去一贯的风格，但加入了许多摩德、斯卡琳的个人生活。在该季中，“黑油”、“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是斯卡琳发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍了癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧，相信看过的朋友都知道。本季结束于摩德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。
第五季简介
继续延续上一季的剧情，原来摩德受了骗，及时发觉错误后和斯卡琳串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。斯卡琳被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子-------艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，摩德再一次接近事实的真相。摩德前女友的出现也对摩德与斯卡琳间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
第六季简介
电影后的X档案怎么演，是所有影迷及电视评论家关注的焦点。这季的风评呈两极反应，有人喜欢，有人不喜欢。这一季多些喜剧，应该是说有非常多喜剧，让人捧腹大笑。但欢笑之余还是不能忘了X档案有重责在身，本季中间有两集是全剧六年来的大剖析。另外，大卫·杜楚尼自编自导了一集X档案。
第七季简介
摩德远途调查出了意外，在精神病院醒来有了预见的能力，还能读取他人的心理活动。斯卡琳在非洲海岸发现那里发现了刻有人类基因图的远古遗物及关于第六次物种大灭绝的记载。
癌人一直在进行外星混血儿的试验，注入病毒已检验是否成功，这个实验关系到世界末日时人类的生存问题，摩德的变异使他成为唯一的成功案例------------但他“超能力”基因的表达只是暂时的。摩德最后在调查当地一起飞船坠毁事件时被赏金猎手乘飞碟抓走。斯卡琳最后发现怀孕了。
第八季简介
摩德失踪后，斯卡琳请约翰·道格特探员帮忙，连同斯金纳、孤枪手等一同寻找摩德。鉴于无法找到摩德，FBI决定让道格特探员正式接手X档案，而此时的斯卡琳在与摩德共事多年后也早已相信X档案中一系列“灵异事件”的真实性，于是她开始了与一个新的“怀疑论”者——约翰·道格特的合作之旅。本季超级战士（一种新混血外星人）作为新殖民武器开始出现。摩德最终回来了，还找到了杀死超级战士的方法，但由于他知道的太多而不得不逃亡。
第九季简介
外星人与政府的阴谋随着逼近大结局而越来越明显。大结局《真相》（The Truth）里，摩德得到线报又回来寻找真相了，但是他却因同超级战士的搏斗而被关进了监狱，控以谋杀，接受审判。但是摩德否认指控，因为简单手法根本杀不死超级战士。道格特、斯卡琳、斯金纳、雷耶斯、斯班德、加布森等人用尽办法证明摩德的清白，但审判是不公正的，摩德将被执行死刑。道格特和斯金纳等人来到了监狱营救穆德，与此同时超级战士也来了，但是摩德他们早一步逃出了监狱。接着摩德和斯卡琳两人一起开车去找寻真相，证明外星人的阴谋。他们找到了给摩德提供线报的人，摩德告诉斯卡琳原来由于势力衰微无法组织有效进攻而企图暗中控制政府以逐步殖民的外星人由于计划屡屡受搓，将于2012年12月22日利用混入政府的超级战士进行孤注一掷的殖民入侵。
制作人卡特对于大结局的说法是，在整部剧集结束之前，他会为剧中人物安排一个令观众能够接受的大结局，至于地球最终是否会被外星人所占领，外星人的阴谋会否得逞，卡特则表示："这是一个非常敏感的话题，我们仍将采取《X档案》固有的演绎方式向观众做个交待。
